1947 senesinin son aylarında, Afyon’dan üç sivil polis memuru, güya memleket çapında gizli bir dinî cemiyetin faaliyetine âşinâ olmak için Emirdağına gelmişlerdi. Başta Said Nursî olarak Nur talebelerini tespit etmeye çalışıyorlardı. Sudan bahaneler icat etmeye tevessül ettiler. Bir nümunesi şudur:

Bir sivil memur, bir kâğıda yazıyor: “Said’in hizmetçisi buradan Said’e rakı aldı.” Ve rakıcı dükkânında, sarhoş ve aklı yerinde olmayan bir adama bu kâğıdın altına imza atmasını teklif ediyor. O adam diyor: “Tövbeler olsun, bu yalanı kim imza eder?”

Sonra o kâğıdı imzalatmaya çalışan, fakat muvaffak olamayan memur, aynı gece acip bir hadisede işlediği hatâsının tokadını yiyor. Şöyle ki: Beraber rakı içtiği adamlarla dere kenarında gezerken, aralarında bir kavga cereyan eder. O bedbaht adama orada bir güzel dayak atıyorlar ve tabancasını da alıyorlar.
Üstad faytonla kıra çıktığı zaman, dört beş gün müddetince beş tayyare Üstadı takip ediyor. Üstad evine girdiği zaman, onlar da Emirdağı’ndan çekiliyorlar. Üstadın sırf imanî, uhrevî hizmet-i Kur’âniyesine yanlış mânâlar verdirerek aleyhte propaganda yapılıyor ve yukarı makamlara yanlış aksettiriliyor.

Risale-i Nur’un teksir makinesiyle intişarı ve Anadolu’da Nurların gittikçe inkişafı karşısında bu imanî hizmeti durdurmak maksadıyla harekete geçen gizli dinsiz komiteler, hükûmete evham verdirerek, aleyhte tahrikât yapıyorlar. Emirdağ, Isparta, Kastamonu, Konya, İnebolu, Safranbolu, Aydın gibi daha birçok vilâyet, kasaba ve köylerdeki Nurcuların evlerinin aranmasına emir veriliyor. Nihayet 1948 senesinin başında (23 Ocak 1948’de), Üstad Said Nursî ve on beş kadar Nur talebesi Emirdağdan alınarak Afyon’a getirilir ve sorgularını müteakip tevkif edilirler. Ve diğer vilâyetlerdeki Nur talebeleri de tevkif edilerek Afyon’a celb ediliyor. Böylece üçüncü medrese-i Yusufiye hayatı başlıyor.