Denizli hapsinde bir ayda çektiği sıkıntıyı, Afyon’da bir günde çekmiştir. Kendisine, bütün bütün kanunsuz muameleler yapılmıştır. Hapishanede tam yirmi ay, kışın, çok soğuk olan gayr-ı muntazam bir koğuş içinde yalnız bırakılarak, tecrid-i mutlak içinde imha olmasına intizar edilmiştir. Kışın en şiddetli günlerinde, hapishane pencerelerinin iki milim buz tuttuğu zamanlarda zehir verilmiş, ihtiyar, çok hasta haliyle, aylarca ıztırap çektirilmiştir. Mübarek yatağında, bir taraftan bir tarafa dönemeyecek bir hale geldiği zamanlarda bile, hizmetine, bir talebesi olsun müsaade edilmemiştir. O korkunç şerait altında, kendi kendine ölüp gitmesi beklenmiştir. Hastalığı o kadar şiddetlenmiştir ki, günlerce, birşey yiyememiş ve gıdasız kalmış ve çok zayıf bir vaziyete gelmiştir. Böyle olduğu ve çok sıkı bir tarassut ve tazyikat altında bulundurulduğu halde, Risale-i Nur’un telifinden geri kalmamış, her hapiste olduğu gibi, burada da gizli olarak eser telif etmiştir. Mahpuslar, gizli gizli Risale-i Nur’u elleriyle yazıp çoğaltmışlar ve hapishaneden dışarı da çıkararak neşrini temin etmişlerdir. Bediüzzaman hapiste olduğu günler dahi Risale-i Nur’un neşriyatı durmamış, perde altında yüz binlerce nüshaları eski yazı ile neşretmeye, Nur kahramanı Hüsrev gibi Nur talebeleri muvaffak olmuşlardır.

Hapishanede zehirlenerek ölüm döşeğinde iken, fırsat bulup ziyaretine varabilen bir talebesine şöyle demiştir: “Belki hayatta kalamayacağım. Bütün mevcudiyetim vatan, millet, gençlik ve âlem-i İslâm ve beşerin ebedî refah ve saadeti uğrunda feda olsun. Ölürsem dostlarım intikamımı almasınlar.”

Bediüzzaman’ın hapishaneye gelmesiyle çok müstefid olan hapislerden birisi pencereden selâm verdiği zaman, “Sen Bediüzzaman’a neden selâm verdin? Neden onun penceresine bakıyorsun?” diyerek dayak atılmıştır. Çok mübarek ve çok sevgili Üstadlarının hasta ve çok elîm vaziyetinde gizlice fırsat bulup görüşmeye çalışan talebeleri, yakalandıkları zaman falakalara yatırılarak dayaktan geçirilmiştir. Fakat onlar bu mezalimden asla yılmamışlar, imandan ve izzet-i İslâmiyeden gelen bir salâbetle, o zalimler vurdukça, onlar da her vuruluşlarında “Vur! Vur!” diye bağırmışlardır. “Düşmanın çizmesi boğazımıza bastığı zaman onun yüzüne tükür! Ruhun kurtulsun, cesedin ezilsin” hakikatini matbuat lisanıyla da beyan eden Üstadları Bediüzzaman’a ittiba etmişlerdir.